Την εμφάνισή της στα αστικά λύματα της Θεσσαλονίκης έκανε η άκρως μεταδοτική παραλλαγή της «Omicron», επιβεβαιώνοντας τις εκτιμήσεις της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ.
Η ανίχνευση έγινε σε δείγμα της περασμένης Κυριακής (19/12), μέσα από μια πρωτοποριακή – υψηλής ευαισθησίας και ακρίβειας και σε πραγματικό χρόνο – μοριακή μέθοδο, που ανέπτυξε η Ομάδα του ΑΠΘ, με τα ακριβή αποτελέσματα για την ποσοτικοποίηση και τη συχνότητα εμφάνισης του στελέχους «Omicron» σε σχέση με το στέλεχος «Δελτα», που ακόμα κυριαρχεί στην κοινότητα, να έρχεται τις επόμενες μέρες.
«Δε μας εκπλήσσει η παρουσία του στελέχους “Omicron” στη Θεσσαλονίκη, είναι μία αναμενόμενη εξέλιξη, όπως αναμενόμενη είναι και η επικράτησή του το επόμενο διάστημα. Αλλά είναι ιδιαίτερα σημαντικό ότι σήμερα, πριν ακόμη εντοπιστεί η μετάλλαξη σε εργαστηριακά επιβεβαιωμένο κρούσμα στην πόλη, ερχόμαστε να προσφέρουμε στην Πολιτεία ένα ακόμη πολύτιμο εργαλείο έγκαιρης και αξιόπιστης πρόβλεψης για την επιδημιολογική κατάσταση και πορεία της πανδημίας», δήλωσε στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο πρύτανης του ΑΠΘ και επιστημονικά υπεύθυνος του ερευνητικού έργου, Νίκος Παπαϊωάννου.
Στη διάθεση του ΕΟΔΥ η καινοτόμος μέθοδος
Η μέθοδος ανίχνευσης και ποσοτικοποίησης του στελέχους «Omicron» με χρήση real-time PCR αποτελεί μια παγκόσμια πρωτοπορία, καθώς δεν υπάρχει μέχρι σήμερα κάτι αντίστοιχο στη διεθνή βιβλιογραφία και γι’ αυτό, όπως γνωστοποίησε ο κ. Παπαϊωάννου, «η ομάδα του ΑΠΘ προχωράει άμεσα σε υποβολή σχετικής προδημοσίευσης σε διεθνές καταθετήριο επιστημονικών εργασιών (medRxiv) και επιπλέον θέτει τη μέθοδο στη διάθεση του Δικτύου Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΕΟΔΥ, ώστε να εφαρμοστεί άμεσα και σε άλλες πόλεις στην Ελλάδα».
«Σήμερα σε όλον τον κόσμο οι μόνες αξιόπιστες προσπάθειες προσδιορισμού του στελέχους «Omicron» αφορούν χρονοβόρες μεθόδους παράλληλης αλληλούχισης εκατομμυρίων νουκλεοτιδίων του ιού μετά από επίπονες διαδικασίες προσυγκέντρωσης των δειγμάτων. Ανταποκρινόμενη στην απαίτηση για έγκαιρη ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του στελέχους Όμικρον στα λύματα, η Ομάδα Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ κατάφερε μέσα σε μικρό χρονικό διάστημα να αναπτύξει μία νέα μοριακή μέθοδο real-time PCR, που έχει τη δυνατότητα να πολλαπλασιάζει επιλεκτικά το τμήμα του γονιδιώματος που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη ακίδα του στελέχους Όμικρον και όχι του Δέλτα», τόνισε ο πρύτανης του ΑΠΘ.
Μάλιστα, η νέα μέθοδος βασίζεται σε τεχνογνωσία που πρόσφατα δημοσιεύθηκε σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά υψηλού κύρους από μέλη της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ από το Διαγνωστικό Εργαστήριο του Τμήματος Κτηνιατρικής ΑΠΘ, οι οποίοι μελετούσαν την ανίχνευση και την τυποποίηση του ιού LSDV που προσβάλλει τα βοοειδή, καθώς και των στελεχών «Άλφα», «Βήτα», «Γάμα» και «Δέλτα» του κορωνοϊού σε κλινικά δείγματα.
Όπως επεξηγείται, η μέθοδος χρησιμοποιεί τροποποιημένο LNA ιχνηλάτη και εντοπίζει συνολικά δύο βασικές γενετικές υπογραφές, αυτή της περιοχής νουκλεοτιδικών απαλείψεων στις θέσεις S69-70 και τη μετάλλαξη S:T95I, που είναι ικανές να χαρακτηρίσουν την παραλλαγή «Omicron» και να τη διαφοροποιήσουν από τα άλλα στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που κυκλοφορούν στην κοινότητα.
Έτσι, γίνεται εφικτή η ευαίσθητη ανίχνευση και ακριβής ποσοτικοποίηση του ιικού φορτίου του στελέχους της μετάλλαξης στα λύματα, ανεξαρτήτως της ποσότητας του φορτίου του «Δέλτα», που κυριαρχεί ακόμα στην κοινότητα.
Ο άμεσος σχεδιασμός της δοκιμής που έγινε στα τέλη Νοεμβρίου, όταν πλέον υπήρχε ικανή πληροφορία από τις γενετικές παραλλαγές του στελέχους «Omicron», επέτρεψε στην Ομάδα Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ να προβεί στην έγκαιρη προμήθεια αντιδραστηρίων, με αποτέλεσμα, από τις 16 Δεκεμβρίου και μετά, να ελέγχονται σε πραγματικό χρόνο και χωρίς καθυστερήσεις τα λύματα της Θεσσαλονίκης για την παρουσία του στελέχους της νέας παραλλαγής του κορωνοϊού.
ΠΡΟΣΘΗΚΗ ΣΧΟΛΙΟΥ